O documentário aborda como a chamada Revolução Verde do pós-guerra acabou com a herança da agricultura tradicional. No lugar, implantou um modelo que ameaça a fertilidade do solo, os mananciais de água e a biodiversidade, contaminando pessoas e o ar. Nós somos as grandes vítimas dessa triste realidade, já que o Brasil é o país do mundo que mais consome os venenos: são 5,2 litros/ano por habitante.Apesar do quadro negativo, o filme aponta pequenas iniciativas em defesa de um outro modelo de produção agrícola.

Após impactar o Brasil mostrando as perversas consequências do uso de agrotóxicos em O Veneno está na Mesa, o diretor Sílvio Tendler apresenta no segundo filme uma nova perspectiva. O Veneno Está Na Mesa 2 atualiza e avança na abordagem do modelo agrícola nacional atual e de suas consequências para a saúde pública. O filme apresenta experiências agroecológicas empreendidas em todo o Brasil, mostrando a existência de alternativas viáveis de produção de alimentos saudáveis, que respeitam a natureza, os trabalhadores rurais e os consumidores.